Al fine di recuperare e valorizzare ulteriormente la storia e la cultura delle popolazioni di Capitanata, all'interno del Museo del Territorio è stata allestita una Biblioteca tematica.

    La costituzione del fondo bibliografico in piccola parte si deve ad acquisti, dal momento che è stato realizzato, soprattutto, con doni della Provincia di Foggia e del curatore scientifico del Museo Prof. Saverio Russo, che ha contattato e segnalato Enti e Istituzioni che potevano arricchire le dotazioni di testi riguardanti archeologia, arte e cultura materiale del territorio, nonché la didattica della storia .

    Tra gli Enti che hanno contribuito, vanno segnalati gli IRSSAE di Puglia ed Emilia Romagna, la Banca del Monte di Foggia, il CRSEC di Cerignola, le Comunità Montane del Subappennino dauno meridionale e del Gargano, l'Istituto di Storia dell'Arte dell'Università di Bari, l'Ufficio di Foggia della Soprintendenza Archeologica della Puglia, le biblioteche di Lucera, Manfredonia e San Severo. Donazioni sono state fatte anche da parte di studiosi. Di recente, inoltre, è stata acquistata una collezione cartografica relativa alla Capitanata, corredata da testi sulla Cartografia nel Mezzogiorno.

    La catalogazione della Biblioteca è stata realizzata da due LSU (Lavoratori Socialmente Utili): la dott.ssa Lucia Pizzarelli e la dott.ssa Maria Adele La Torretta.

    Il catalogo per ora raccoglie circa 200 testi ed è in via d'ampliamento.