Il Museo nasce nel 1995 in seguito alla donazione all'Amministrazione Provinciale di una collezione faunistica prevalentemente ornitologica e teriologica.
Successivamente all'istituzione del Museo, l'Assessorato alla Cultura della Provincia ne ha delineato struttura, funzioni e organizzazione con l'approvazione del Regolamento e con l'elaborazione di un progetto per l'attivazione e la gestione ordinaria realizzato con la consulenza scientifica del Centro Studi Naturalistici, della LIPU (Lega Italiana Protezione Uccelli) - Sez. di Foggia.
Attualmente il Museo si compone di due sezioni: scientifica e didattica, che vengono gestite dalla LIPU tramite convenzione con l'Amministrazione Provinciale. Si vuole qui evidenziare l'importanza dell'aspetto gestionale in accordo con le politiche internazionali per una istituzione museale territoriale la cui gestione, appunto, è stata affidata ad un O.N.G. (Organizzazione Non Governativa), ente morale ed O.N.L.U.S. riconosciuto dallo Stato.

Organizzazione

Comitato Scientifico

Presidente dell'Amm. Prov.le di Foggia
Dr. Antonio Pellegrino

Presidente della LIPU. - Etologo
Direttore del Dipartimento di Scienze Ambientali e Ordinario di Conservazione della Natura e delle sue Risorse - Università di Venezia
Prof. Danilo Mainardi.

Direttore dell'Istituto e Museo di Zoologia e Anatomia Comparata e Ordinario di Zoologia - Università di Bari
Prof. Lidia Liaci Scalera.

Direttore del Museo di St. Nat. di Cesena
Dr. Dino Scaravelli.

Curatore dell'Orto Botanico Univ. di Bari
Dr. Saverio D'Amico.

Curatore del Museo di Geomineralogia dell'Università di Bari
Dr. Sandro Monno.

Direttore Centro Studi Naturalistici
Sig. Maurizio Gioiosa.

Responsabile tecnico-scientifico del Museo
Dr. Vincenzo Rizzi.

Consuleti

Architetto - Marilena Dembech

Paleontologo - Oronzo Simone

Biospeleologo - Ferdinando Di Donna

Laboratorio Tassidermia
Preparatore
Sig. Michele Zullo.